Reconstruire le microbiome avec des espèces disparues – Avec du yaourt à base de L. brevis, L. rhamnosus, B. subtilis et B. clausii

Mis à jour le 31 août 2025

Recette : préparer soi-même un yaourt à base de L. brevis, L. rhamnosus, B. subtilis et B. clausii

Convient également aux personnes intolérantes au lactose (voir les remarques ci-dessous).

Ingrédients (pour environ 1 litre de yaourt)

2 capsules de L. brevis (de 2 milliards d’UFC chacune)
2 capsules de L. rhamnosus (de 10 milliards d’UFC chacune)
2 capsules de B. subtilis (de 3 milliards d’UFC chacune)
2 capsules de B. clausii (de 4 milliards d’UFC chacune)
1 c. à soupe d’inuline (ou GOS ou XOS en cas d’intolérance au fructose)
1 litre de lait entier (bio), 3,8 % de matières grasses, stérilisé à très haute température et homogénéisé, ou de lait UHT
(Plus la teneur en matières grasses du lait est élevée, plus le yaourt est épais.)

Remarque :

1 capsule de L. reuteri, au moins 5 × 10⁹ (5 milliards) de CFU (en)/UFC (fr)

CFU signifie colony forming units, c’est-à-dire unités formant des colonies (UFC) en français. Cette unité de mesure indique le nombre de micro-organismes viables contenus dans une préparation.

Remarques sur le choix du lait et la température

Ne pas utiliser de lait frais. Il n’est pas assez stable pour les longues durées de fermentation et n’est pas exempt de germes.
Le lait UHT (lait de longue conservation, stérilisé à très haute température) est idéal : il est exempt de germes et peut être utilisé directement.
Le lait doit être à température ambiante. Sinon, le réchauffer doucement au bain-marie à 38 °C (100 °F). Éviter les températures plus élevées : à partir d’environ 44 °C, les cultures probiotiques sont endommagées ou détruites.

Préparation

Ouvrir les 8 capsules au total et verser la poudre dans un petit bol.
Ajouter 1 c. à soupe d’inuline par litre de lait ; elle sert de prébiotique et favorise la croissance des bactéries. Pour les personnes intolérantes au fructose, les GOS ou les XOS sont des alternatives adaptées.
Verser 2 c. à soupe de lait dans le bol et mélanger soigneusement jusqu’à ce qu’il n’y ait plus de grumeaux.
Incorporer le reste du lait et bien mélanger.
Verser le mélange dans un récipient adapté à la fermentation (par ex. un bocal en verre).
Placer dans la yaourtière et laisser fermenter à 38 °C (100 °F) pendant 36 heures.

Fournées suivantes

À partir de la deuxième fournée, utiliser comme ferment 2 c. à soupe de yaourt de la fournée précédente. Cela vaut également si le premier yaourt est encore liquide ou n’a pas parfaitement pris. Important : ne l’utiliser que s’il a une odeur fraîche, un goût légèrement acidulé et ne présente aucun signe d’altération (pas de moisissure, de coloration inhabituelle ni d’odeur piquante).

Ingrédients pour 1 litre de lait (fournée suivante) :

2 c. à soupe de yaourt de la fournée précédente
1 c. à soupe d’inuline
1 litre de lait UHT ou de lait entier homogénéisé, stérilisé à très haute température

Voici comment procéder :

Mettre 2 c. à soupe de yaourt de la fournée précédente dans un petit bol.
Ajouter 1 c. à soupe d’inuline et 2 c. à soupe de lait, puis mélanger jusqu’à obtenir une préparation lisse, sans grumeaux.
Incorporer le reste du lait et bien mélanger.
Verser le mélange dans un bocal et le placer dans la yaourtière.
Laisser fermenter à 38 °C (100 °F) pendant 36 heures.

Remarque importante

L’inuline sert de nourriture aux cultures : ajoutez 1 c. à soupe par litre de lait à chaque préparation.

Pour toute question, nous sommes à votre disposition par e-mail team@tramunquiero.com

ou via notre formulaire de contact.

Pourquoi 36 heures ?

Le choix de cette durée de fermentation est scientifiquement fondé : L. brevis et L. rhamnosus ont un temps de doublement d’environ 2 à 3 heures, tandis que B. subtilis et B. clausii, des bactéries sporulées, sont particulièrement résistantes et peuvent également se multiplier en quelques heures. En 36 heures, de nombreux cycles de doublement se produisent ainsi, permettant d’obtenir une forte concentration de germes probiotiques actifs dans le produit fini. La maturation prolongée stabilise en outre les acides lactiques et rend les cultures particulièrement résistantes.

!À retenir !

La première fournée ne réussit souvent pas chez de nombreux utilisateurs. Il ne faut toutefois pas la jeter. Il est plutôt recommandé d’utiliser deux cuillères à soupe de cette première fournée pour préparer une nouvelle fournée. Si celle-ci ne réussit pas non plus, veuillez vérifier la température de votre yaourtière. Avec les appareils permettant de régler la température au degré près, la première préparation réussit généralement déjà très bien.

Conseils pour un résultat parfait

La première fournée est généralement encore un peu plus liquide ou granuleuse. Utilisez 2 c. à soupe de la fournée précédente comme starter pour la suivante : la consistance s’améliore à chaque nouvelle fournée.
Plus de matières grasses = une consistance plus épaisse : plus le lait est riche en matières grasses, plus le yaourt sera onctueux.
Le yaourt prêt à consommer se conserve jusqu’à 9 jours au réfrigérateur.

Conseils de consommation :

Dégustez chaque jour environ une demi-tasse (environ 125 ml) de yaourt, de préférence régulièrement, idéalement au petit-déjeuner ou en collation. Les microbes qu’il contient peuvent ainsi se développer de manière optimale et soutenir durablement votre microbiote.

Recommencer après 20 fermentations

Combien de fois peut-on réutiliser une préparation de yaourt avant d’avoir besoin d’une culture starter fraîche ? Dans son livre Super Gut (2022), le Dr William Davis recommande de ne pas reproduire continuellement un yaourt fermenté au Reuteri pendant plus de 20 générations (ou fournées). Mais ce nombre est-il scientifiquement fondé ? Et pourquoi précisément 20, plutôt que 10 ou 50 ?

Que se passe-t-il lors d’un nouveau réensemencement ?

Une fois que vous avez préparé un yaourt, vous pouvez l’utiliser comme ferment pour la préparation suivante. Vous transférez alors des bactéries vivantes du produit fini dans une nouvelle solution nutritive (par exemple, du lait ou des alternatives végétales). C’est écologique, permet d’économiser des capsules et se pratique souvent.

Cependant, les repiquages répétés entraînent un problème biologique :
Dérive microbienne.

Dérive microbienne : comment les cultures se transforment

À chaque transfert, la composition et les propriétés d’une culture bactérienne peuvent se modifier progressivement. Les raisons en sont les suivantes :

Mutations spontanées lors de la division cellulaire (en particulier lorsque le renouvellement est important dans un environnement chaud)
Sélection de certaines sous-populations (par exemple, les bactéries à croissance plus rapide supplantent celles à croissance plus lente)
Contamination par des microbes indésirables provenant de l’environnement (par exemple, des germes présents dans l’air ou la microflore de la cuisine)
Adaptations liées aux nutriments (les bactéries « s’habituent » à certaines espèces de lait et modifient leur métabolisme)

Résultat : après plusieurs générations, il n’est plus garanti que la même espèce bactérienne, ou du moins la même variante physiologiquement active, soit présente dans le yaourt qu’au départ.

Pourquoi le Dr Davis recommande 20 générations

Le Dr William Davis a initialement mis au point la méthode du yaourt pour ses lecteurs, afin de tirer parti de manière ciblée de certains bienfaits pour la santé (par exemple, la libération d’ocytocine, l’amélioration du sommeil et de l’état de la peau). Dans ce contexte, il écrit qu’une préparation fonctionne de manière fiable pendant « environ 20 générations », avant qu’il soit recommandé d’utiliser une nouvelle culture de départ provenant d’une capsule (Davis, 2022).

Cela ne repose pas sur des tests de laboratoire systématiques, mais sur l’expérience pratique de la fermentation et les témoignages de sa communauté.

« Après environ 20 générations de réutilisation, votre yaourt peut perdre de son efficacité ou ne plus fermenter de manière fiable. À ce stade, utilisez à nouveau une capsule fraîche comme ferment. »
— Super Gut, Dr William Davis, 2022

Il justifie ce chiffre de manière pragmatique : après environ 20 réensemencements, le risque que des changements indésirables deviennent perceptibles augmente, par exemple une consistance plus liquide, une modification de l’arôme ou une diminution des effets bénéfiques pour la santé.

Existe-t-il des études scientifiques à ce sujet ?

Il n’existe jusqu’à présent aucune étude scientifique spécifique sur le yaourt portant sur 20 cycles de fermentation. Cependant, des recherches ont été menées sur la stabilité des bactéries lactiques au fil de plusieurs repiquages :

En microbiologie alimentaire, on considère généralement que des modifications génétiques peuvent apparaître après 5 à 30 générations, selon l’espèce, la température, le milieu et les conditions d’hygiène (Giraffa et al., 2008).
Des études de fermentation avec Lactobacillus delbrueckii et Streptococcus thermophilus montrent qu’après environ 10 à 25 générations, une modification des performances de fermentation (p. ex. une acidité moindre ou un arôme différent) peut apparaître (O’Sullivan et al., 2002).
Pour Lactobacillus reuteri en particulier, il est établi que ses propriétés probiotiques peuvent varier considérablement selon le sous-type, l’isolat et les conditions environnementales (Walter et al., 2011).

Ces données suggèrent que 20 générations constituent une référence prudente et raisonnable pour préserver l’intégrité de la culture, surtout si l’on souhaite maintenir ses effets bénéfiques sur la santé (p. ex. la production d’ocytocine).

Conclusion : 20 générations, un compromis pratique

On ne peut pas déterminer scientifiquement avec précision si 20 est le « nombre magique ». Mais :

Jeter la culture avant 10 fournées serait généralement inutile.
Réaliser plus de 30 fournées augmente le risque de mutations ou de contamination.
20 fournées correspondent à environ 5 à 10 mois d’utilisation (selon la consommation), une bonne période pour repartir sur une base fraîche.

Recommandation pratique

Après 20 fournées de yaourt au maximum, il convient de lancer une nouvelle culture avec une culture starter fraîche issue de capsules, surtout si vous souhaitez utiliser le yaourt spécifiquement pour votre microbiome.

Bénéfices au quotidien

Lactobacillus brevis

Production de neurotransmetteurs : Produit de l’acide γ-aminobutyrique (GABA), un neurotransmetteur important aux effets apaisants, associé à une réduction du stress et à un meilleur sommeil (Barrett et al. 2012).
Santé intestinale : Inhibe la croissance des germes pathogènes et favorise un microbiome équilibré (Urbanska et al. 2009).
Immunomodulation : Favorise la régulation des réactions inflammatoires dans l’intestin (Kim et al. 2019).
Fermentation : Se trouve traditionnellement dans des aliments fermentés comme la choucroute ou le kimchi, auxquels il contribue largement à l’arôme.

Lactobacillus rhamnosus

Polyvalent du microbiome : L’une des souches probiotiques les mieux étudiées, aux effets bénéfiques variés (Segers & Lebeer 2014).
Santé intestinale : Efficace contre la diarrhée, les symptômes du côlon irritable et les troubles associés aux antibiotiques (Guandalini 2011).
Renforcement immunitaire : Réduit le risque d’infections respiratoires et renforce la défense des muqueuses (Hatakka et al. 2001).
Psychobiotique : Présente, dans des études animales et humaines, des effets anxiolytiques et améliorant l’humeur en influençant le métabolisme du GABA dans le cerveau (Bravo et al. 2011).

Bacillus subtilis

Formateur de spores : Résiste à l’acidité gastrique et à la bile, et atteint de manière fiable l’intestin (Hong et al. 2005).
Système immunitaire : Stimule la production de substances antimicrobiennes et soutient la défense contre les agents pathogènes.
Barrière intestinale : Favorise l’intégrité de la muqueuse et réduit le risque de « fuite intestinale » (Elshaghabee et al. 2017).
Digestion : Produit des enzymes telles que des amylases et des protéases, qui facilitent la décomposition des glucides et des protéines.
Usage traditionnel : Entre dans la composition de produits à base de soja fermenté (« Natto ») au Japon depuis des siècles et est considéré comme un type de probiotique sûr.

Bacillus clausii

Formateur de spores : Extrêmement résistant à la chaleur, à l’acidité gastrique et aux antibiotiques, il est donc très fiable pour la colonisation (Hoa et al. 2000).
Traitement d’appoint aux antibiotiques : Cliniquement éprouvé pour prévenir et traiter la diarrhée associée aux antibiotiques (Mete et al. 2019).
Immunomodulation : Favorise l’équilibre du système immunitaire, réduit les réactions allergiques et les inflammations chroniques (Negroni et al. 2014).
Sécurité : Utilisé en médecine depuis des décennies et considéré comme sûr, y compris pour les enfants.