Reconstruire le microbiome avec des espèces perdues – Avec du yaourt à base de L. brevis, L. rhamnosus, B. subtilis, B. clausii

Mis à jour le 31 août 2025

Recette : fabriquer soi-même un yaourt avec L. brevis, L. rhamnosus, B. subtilis et B. clausii

Convient aussi aux personnes intolérantes au lactose (voir remarques ci-dessous).

Ingrédients (pour environ 1 litre de yaourt)

2 capsules de L. brevis (2 milliards UFC chacune)
2 capsules de L. rhamnosus (10 milliards UFC chacune)
2 capsules de B. subtilis (3 milliards UFC chacune)
2 capsules de B. clausii (4 milliards UFC chacune)
1 c. à soupe d'inuline (alternativement : GOS ou XOS en cas d'intolérance au fructose)
1 litre de lait entier (bio), 3,8 % de matières grasses, ultra-pasteurisé et homogénéisé ou lait UHT
(Plus la teneur en matières grasses du lait est élevée, plus le yaourt sera épais)

Remarque :

1 capsule de L. reuteri, au moins 5 × 10⁹ (5 milliards) CFU/UFC

CFU signifie unités formant colonie – en français unités formant colonie (UFC). Cette unité mesure le nombre de micro-organismes viables dans un produit.

Conseils sur le choix du lait et la température

Ne pas utiliser de lait frais. Il n'est pas assez stable pour les longues durées de fermentation et n'est pas stérile.
Le lait UHT est idéal (lait longue conservation ultra-pasteurisé) : il est stérile et peut être utilisé directement.
Le lait doit être à température ambiante. Sinon, le chauffer doucement au bain-marie à 38 °C (100 °F). Éviter les températures plus élevées : à partir d'environ 44 °C, les cultures probiotiques sont endommagées ou détruites.

Préparation

Ouvrir les 8 capsules au total et verser la poudre dans un petit bol.
Ajouter 1 c. à soupe d'inuline par litre de lait, cela sert de prébiotique et favorise la croissance des bactéries. Pour les personnes intolérantes au fructose, les GOS ou XOS sont des alternatives appropriées.
Mettre 2 c. à soupe de lait dans le bol et bien mélanger jusqu'à disparition des grumeaux.
Incorporer le reste du lait et bien mélanger.
Verser le mélange dans un récipient adapté à la fermentation (par exemple un bocal en verre).
Placer dans la yaourtière et laisser fermenter à 38 °C (100 °F) pendant 36 heures.

Fourni pour les prochaines fournées

À partir de la deuxième fournée, utilisez comme démarreur 2 c. à soupe de yaourt de la fournée précédente. Cela s'applique même si le premier yaourt est encore liquide ou pas parfaitement ferme. Important : n'utiliser que s'il sent frais, a un goût légèrement acidulé doux et ne présente aucun signe de détérioration (pas de moisissure, pas de décoloration inhabituelle, pas d'odeur piquante).

Ingrédients pour 1 litre de lait (fourni pour la prochaine fournée) :

2 c. à soupe de yaourt de la fournée précédente
1 c. à soupe d'inuline
1 litre de lait UHT ou lait entier homogénéisé ultra-pasteurisé

Voici comment faire :

Mettre 2 c. à soupe de yaourt de la fournée précédente dans un petit bol.
Ajouter 1 c. à soupe d'inuline et 2 c. à soupe de lait, mélanger jusqu'à obtenir une consistance lisse sans grumeaux.
Incorporer le reste du lait et bien mélanger.
Verser le mélange dans un verre et le placer dans la yaourtière.
Laisser fermenter à 38 °C (100 °F) pendant 36 heures.

Note importante

L’inuline est la nourriture des cultures – ajoutez 1 cuillère à soupe par litre de lait à chaque préparation.

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Pourquoi 36 heures ?

Le choix de cette durée de fermentation est scientifiquement justifié : L. brevis et L. rhamnosus ont un temps de doublement d'environ 2 à 3 heures, B. subtilis et B. clausii, en tant que bactéries sporulées, sont particulièrement robustes et peuvent également se multiplier en quelques heures. En 36 heures, de nombreux cycles de doublement ont lieu, permettant une concentration élevée de germes probiotiques actifs dans le produit fini. La maturation prolongée stabilise également les acides lactiques et rend les cultures particulièrement résistantes.

!Important à noter !

Le premier lot ne réussit souvent pas chez de nombreux utilisateurs. Il ne faut cependant pas le jeter. Il est conseillé de préparer un nouveau lot avec deux cuillères à soupe du premier. Si celui-ci ne réussit pas non plus, vérifiez la température de votre yaourtière. Avec des appareils où la température peut être réglée au degré près, le premier ferment réussit généralement bien.

Conseils pour des résultats parfaits

Le premier lot est généralement un peu plus liquide ou granuleux. Utilisez 2 cuillères à soupe du lot précédent comme ferment pour la prochaine fournée – la consistance s'améliore à chaque nouveau lot.
Plus de matière grasse = consistance plus épaisse : plus la teneur en matière grasse du lait est élevée, plus le yaourt sera crémeux.
Le yaourt prêt se conserve jusqu'à 9 jours au réfrigérateur.

Conseil de consommation :

Consomme environ une demi-tasse (environ 125 ml) de yaourt chaque jour – de préférence régulièrement, idéalement au petit-déjeuner ou en collation. Cela permet aux microbes contenus de se développer de manière optimale et de soutenir durablement ton microbiome.

Recommencer après 20 fermentations

Combien de fois peut-on réutiliser un ferment de yaourt avant d'avoir besoin d'une nouvelle culture de départ fraîche ? Le Dr William Davis recommande dans son livre Super Gut (2022) de ne pas reproduire un yaourt fermenté au Reuteri plus de 20 générations (ou lots) consécutives. Mais ce chiffre est-il scientifiquement justifié ? Et pourquoi précisément 20, pas 10, pas 50 ?

Que se passe-t-il lors du réensemencement ?

Lorsque vous avez fabriqué un yaourt, vous pouvez l’utiliser comme starter pour la prochaine fournée. Vous transférez ainsi des bactéries vivantes du produit fini dans un nouveau milieu nutritif (par exemple, du lait ou des alternatives végétales). C’est écologique, cela économise des capsules et c’est souvent pratiqué.

Cependant, un problème biologique survient lors des réensemencements répétés :
Dérive microbienne.

Dérive microbienne – comment les cultures évoluent

À chaque transfert, la composition et les propriétés d’une culture bactérienne peuvent progressivement changer. Les raisons en sont :

Mutations spontanées lors de la division cellulaire (particulièrement en cas de fort renouvellement dans un environnement chaud)
Sélection de certaines sous-populations (par exemple, les plus rapides à croître supplantent les plus lentes)
Contamination par des microbes indésirables de l’environnement (par exemple, germes de l’air, microflore de cuisine)
Adaptations liées aux nutriments (les bactéries « s’habituent » à certaines espèces de lait et modifient leur métabolisme)

Le résultat : après plusieurs générations, il n’est plus garanti que la même espèce bactérienne, ou du moins la même variante physiologiquement active, soit présente dans le yaourt qu’au départ.

Pourquoi le Dr Davis recommande 20 générations

Le Dr William Davis a initialement développé la méthode du yaourt pour ses lecteurs afin de cibler certains bienfaits pour la santé (par exemple, la libération d’ocytocine, un meilleur sommeil, une amélioration de la peau). Dans ce contexte, il écrit qu’un ensemencement fonctionne de manière fiable « environ 20 générations » avant de devoir utiliser une nouvelle culture starter issue d’une capsule (Davis, 2022).

Cela ne repose pas sur des tests de laboratoire systématiques, mais sur l'expérience pratique de la fermentation et les retours de sa communauté.

« Après environ 20 générations de réutilisation, votre yaourt peut perdre de sa puissance ou ne plus fermenter de manière fiable. À ce moment-là, utilisez à nouveau une capsule fraîche comme starter. »
— Super Gut, Dr William Davis, 2022

Il justifie ce chiffre de manière pragmatique : après environ 20 réensemencements, le risque que des modifications indésirables apparaissent augmente, par exemple une consistance plus fluide, un arôme modifié ou une efficacité sanitaire réduite.

Existe-t-il des études scientifiques à ce sujet ?

Il n'existe pas encore d'études scientifiques spécifiques sur le yaourt sur 20 cycles de fermentation. Cependant, des recherches portent sur la stabilité des bactéries lactiques sur plusieurs passages :

En microbiologie alimentaire, il est généralement admis que des modifications génétiques peuvent survenir après 5 à 30 générations, selon l'espèce, la température, le milieu et l'hygiène (Giraffa et al., 2008).
Des études de fermentation avec Lactobacillus delbrueckii et Streptococcus thermophilus montrent qu’après environ 10–25 générations, une modification de la performance de fermentation (par ex. acidité moindre, arôme différent) peut survenir (O’Sullivan et al., 2002).
Pour Lactobacillus reuteri en particulier, il est connu que ses propriétés probiotiques peuvent fortement varier selon le sous-type, l’isolat et les conditions environnementales (Walter et al., 2011).

Ces données suggèrent que 20 générations sont une valeur conservatrice et raisonnable pour préserver l’intégrité de la culture – surtout si l’on veut conserver l’effet santé (par ex. la production d’ocytocine).

Conclusion : 20 générations comme compromis pratique

Savoir si 20 est le « nombre magique » ne peut être affirmé scientifiquement avec précision. Mais :

Jeter moins de 10 lots serait généralement inutile.
Produire plus de 30 lots augmente le risque de mutations ou de contamination.
20 lots correspondent à environ 5–10 mois d’utilisation (selon la consommation), une bonne période pour un nouveau départ.

Recommandation pratique

Après au plus tard 20 lots de yaourt, il convient de repartir avec une nouvelle culture de départ fraîche en capsules, surtout si tu souhaites utiliser le yaourt spécifiquement pour ton microbiome.

Bénéfices quotidiens

Lactobacillus brevis

Production de neurotransmetteurs : Produit de l’acide γ-aminobutyrique (GABA), un neurotransmetteur calmant important, associé à la réduction du stress et à un meilleur sommeil (Barrett et al. 2012).
Santé intestinale : Inhibe la croissance des germes pathogènes et favorise un microbiome équilibré (Urbanska et al. 2009).
Immunomodulation : Soutient la régulation des réactions inflammatoires dans l’intestin (Kim et al. 2019).
Fermentation : Présent traditionnellement dans les aliments fermentés comme la choucroute ou le kimchi, où il contribue largement à l’arôme.

Lactobacillus rhamnosus

Polyvalent du microbiome : L’une des souches probiotiques les mieux étudiées avec des effets positifs variés (Segers & Lebeer 2014).
Santé intestinale : Efficace contre la diarrhée, les symptômes du syndrome de l’intestin irritable et les troubles associés aux antibiotiques (Guandalini 2011).
Renforcement immunitaire : Réduit le risque d'infections des voies respiratoires et renforce la défense des muqueuses (Hatakka et al. 2001).
Psychobiotique : Montre dans des études animales et humaines des effets anxiolytiques et antidépresseurs par l'influence du métabolisme du GABA dans le cerveau (Bravo et al. 2011).

Bacillus subtilis

Formateur de spores : Résiste à l'acide gastrique et à la bile, atteint de manière fiable l'intestin (Hong et al. 2005).
Système immunitaire : Stimule la production de substances antimicrobiennes et soutient la défense contre les agents pathogènes.
Barrière intestinale : Favorise l'intégrité de la muqueuse et réduit le risque de « Leaky Gut » (Elshaghabee et al. 2017).
Digestion : Produit des enzymes telles que les amylases et les protéases, qui facilitent la décomposition des glucides et des protéines.
Usage traditionnel : Composant depuis des siècles des produits fermentés à base de soja (« Natto ») au Japon, considéré comme un type de probiotique sûr.

Bacillus clausii

Formateur de spores : Extrêmement résistant à la chaleur, à l'acide gastrique et aux antibiotiques, donc très fiable pour la colonisation (Hoa et al. 2000).
Thérapie adjuvante aux antibiotiques : Cliniquement testé pour la prévention et le traitement de la diarrhée associée aux antibiotiques (Mete et al. 2019).
Immunomodulation : Favorise l'équilibre du système immunitaire, réduit les réactions allergiques et les inflammations chroniques (Negroni et al. 2014).
Sécurité : Utilisé depuis des décennies en médecine et considéré comme sans danger, même pour les enfants.